“Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təkmilləşdirilməsi ilə bağlı  tədbirlər planı haqqında”  Azərbaycan Respublikası Prezidentinin  2006-cı il 31 mart tarixli 1399 nömrəli Sərəncamına əsasən, Bakı şəhəri təhsil şöbələri ləğv edilərək Sərəncamın icrası məqsədilə Nazirlər Kabineti 28 iyul 2006-ci il tarixində qərar qəbul edilmişdir. Qərara əsasən, Təhsil Nazirliyinin birbaşa tabeliyində olan Bakı Şəhəri üzrə Təhsil İdarəsi yaradılmışdır.

Hazırda İdarədə 12 sektor fəaliyyət göstərir. BŞTİ-nin tabeliyində 317 məktəb (304 tam orta məktəb, 3 ümumi orta məktəb, 7 axşam məktəbi, 3 xüsusi təhsil müəssisəsi), 6 lisey, 1 gimnaziya və 46 məktəbdənkənar müəssisə vardır.