“Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təkmilləşdirilməsi ilə bağlı  tədbirlər planı haqqında”  Azərbaycan Respublikası Prezidentinin  2006-cı il 31 mart tarixli 1399 nömrəli Sərəncamına əsasən, Bakı şəhəri təhsil şöbələri ləğv edilərək Sərəncamın icrası məqsədilə Nazirlər Kabineti 28 iyul 2006-ci il tarixində qərar qəbul edilmişdir. Qərara əsasən, Təhsil Nazirliyinin birbaşa tabeliyində olan Bakı Şəhəri üzrə Təhsil İdarəsi yaradılmışdır.

 BŞTİ-nin tabeliyində 308 ümumi təhsil məktəbi, 3 xüsusi ümumi orta məktəb və 5 əyani-qiyabi axşam məktəbi olmaqla, cəmi 316 məktəb və 5  Uşaq-Gənclər İnkişaf  Mərkəzi fəaliyyət göstərir. Həmçinin İdarənin tabeliyində xidmət bölmələri və Təlimə Dəstək Mərkəzi fəaliyyət göstərir.